Le séquençage génomique pour un dépistage néonatal plus performant ?

Le dépistage néonatal (DNN) est une intervention de santé publique visant à détecter, dès la naissance, une liste de maladies rares et graves, d’origine génétique pour la plupart. Il permet ainsi de mettre en oeuvre les traitements et prises en charge adaptés avant l’apparition des premiers symptômes, pour limiter leurs effets sur la santé de l’enfant. La France était précurseur lors de la création de son programme de DNN en 1972 mais accuse désormais un retard par rapport à de nombreux pays européens.
Le DNN est aujourd’hui considéré comme l’une des initiatives de dépistage en population générale les plus réussies au monde pour le diagnostic et la prise en charge des maladies génétiques rares. Cependant, en France, le DNN se heurte actuellement à une limite technologique et administrative, car il repose sur des analyses spécifiques à chaque pathologie, avec une phase d’instruction souvent longue, qui rend les programmes de DNN peu flexibles et réactifs à l’ajout de nouvelles pathologies. Or, ces dernières années, la prise en charge des maladies rares connaît une véritable révolution grâce au développement de thérapies innovantes telles que la thérapie génique, les thérapies cellulaires, les thérapies de substitution enzymatiques, le repositionnement de molécules… Ces nouvelles thérapies sont d’autant plus efficaces qu’elles sont administrées précocement, surtout avant que les symptômes ne deviennent irréversibles.

Projets pilotes internationaux

Compte tenu de ces avancées technologiques et thérapeutiques, les réflexions autour du recours au séquençage génomique pour le DNN donnent lieu à de nombreux projets de recherche à l’international ¹.
Actuellement, une trentaine de projets pilotes sont lancés ou en préparation, principalement aux États-Unis, en Chine, en Australie et en Europe ². La majorité est regroupée au sein du consortium ICoNS (The International Consortium on Newborn Sequencing).
Ces initiatives visent à dépister plusieurs centaines de maladies rares, en testant différentes stratégies : certaines se concentrent uniquement sur les maladies « traitables », tandis que d’autres proposent également de dépister des maladies « actionnables ».

Au sein de ces projets se démarque le projet pilote britannique Generation Study par le soutien financier majeur du gouvernement, à hauteur de 105 millions de livres sterling pour le séquençage de 100 000 nouveau-nés ciblé sur plus de 500 gènes ³. Un projet européen, Screen4Care, prévoit de dépister 245 maladies génétiques traitables chez 20 000 nouveau-nés ⁴. À ce jour, seuls deux projets de recherche chinois ont publié leurs résultats de séquençage ciblé sur une large cohorte ⁵. Deux autres projets, américain et belge, ont publié des résultats préliminaires ^{6, 7}.

PERIGENOMED : l’initiative française

Au sein de cet élan collaboratif international, l’équipe pluridisciplinaire de la Fédération hospitalo-universitaire (FHU) Translad (médecine translationnelle dans les anomalies du développement) a conçu le projet français PERIGENOMED (Perinatal Genomics Medicine), sous l’égide du CHU Dijon-Bourgogne. Ce projet s’inscrit dans la continuité de l’étude SeDeN (Séquençage Dépistage Néonatal) menée dès 2020 sur l’acceptabilité sociale de l’extension du DNN auprès de 1 199 professionnels de santé, de 1 657 parents d’enfants atteints, de la population générale et de décideurs. Cette étude a montré que 81 % des professionnels de santé et 88 % des parents interrogés sont favorables à une extension du DNN.

Le projet PERIGENOMED vise à évaluer la faisabilité et l’efficacité de l’extension d’un programme de DNN par le séquençage génomique et à rassembler les preuves appuyant un tel déploiement en France. Il propose de dépister plus de 800 maladies rares pour lesquelles il existe un bénéfice substantiel précoce pour l’enfant : traitement en phase présymptomatique, prise en charge adaptée anticipée, accès à l’innovation thérapeutique, amélioration du pronostic clinique et de la qualité de vie. PERIGENOMED intègre une analyse approfondie des enjeux organisationnels, réglementaires, juridiques, éthiques, psychosociaux, économiques et environnementaux d’un dépistage néonatal génomique (DNNg). 

La première phase, PERIGENOMED-Clinics 1, menée avec la FHU partenaire GenOMedS, est financée à hauteur d’environ 3 millions d’euros par un partenariat public-privé-associatif. Cette phase proposera aux futurs parents de 2 500 nouveau-nés de cinq CHU (Dijon, Besançon, Rennes, Nantes et Angers) le dépistage d’environ 400 maladies traitables, avec l’option de dépister environ 400 maladies actionnables supplémentaires. Elle a pour objectif de tester les circuits de mise en place d’un DNNg et des parcours de soins d’aval.

La seconde phase (PERIGENOMED-Clinics 2) vise à évaluer la mise en place d’un DNNg à grande échelle et en conditions territoriales réelles, et les impacts associés. Prévue à partir de 2026, elle proposera d’inclure environ 19 000 nouveau-nés. Ceux présentant un dépistage positif pour une maladie rare génétique bénéficieront d’un suivi clinique par un centre de référence ou de compétences maladies rares pendant cinq ans. Son budget est estimé à plus de 10 millions d’euros et son déploiement nécessitera un financement de l’État.

Conception du projet Perigenomed

Étendre le DNN par le séquençage génomique pourrait entraîner des bénéfices multiples, complémentaires et s’inscrivant dans une conception globale de la santé et de la prévention. Une telle évolution pourrait améliorer la santé et la qualité de vie des enfants atteints de maladies rares et contribuerait donc indirectement à l’amélioration de la qualité de vie des parents. Ce serait un véritable levier d’optimisation du système de soins via la diminution de l’errance diagnostique. Cela permettrait également de limiter les conséquences socio-économiques liées à l’errance diagnostique et/ou aux situations de handicap en lien avec les maladies rares dépistées pour les enfants et leurs parents, et de sensibiliser le grand public et les professionnels de santé sur la génomique. Enfin, cela constituerait un levier de valorisation scientifique et économique, en favorisant le développement d’innovations thérapeutiques en lien avec les filières biopharmaceutiques par l’inclusion de patients dans les essais cliniques, ainsi que le développement de la filière santé numérique, par la collecte à grande échelle des données génomiques.